abr
02

Novedades: Ampliada la cobertura de las herramientas CAPFITOGEN

Se ha actualizado las herramientas CAPFITOGEN para poder ofrecer a los usuarios nuevas coberturas respecto al área de trabajo que se desee utilizar. Ahora, las herramientas CAPFITOGEN pueden ser aplicadas para 164 países/territorios (muy cerca de los 192 países que hacen parte de Naciones Unidas), dos subcontinentes (Sur y Meso América), un continente (Europa) y a escala global. Entre los países recientemente añadidos se encuentran algunos de los más grandes del planeta (China, Rusia, Estados Unidos, Canadá, Australia). Ya sólo quedan por fuera de este listado países que por su tamaño (muy pequeños) las herramientas no tienen aplicación. Además para algunos países de gran tamaño ya incluidos anteriormente, se añadieron resoluciones (celdas de mayor tamaño) para permitir que algunas herramientas como ELC mapas pudieran trabajar de forma más rápida. Adicionalmente para Chile se cuenta con una versión continental (archivo chile_c.alz), la cual es mucho más “liviana” (en Gb) que la que incluye I. de Pascua. Para Brasil se cuenta con una versión por debajo de nivel de país (a nivel Estado) la cual será lanzada próximamente en idioma portugués.

Recuerde que tanto las herramientas como las coberturas preparadas se descargan desde vínculos que encontrará en la siguiente entrada de blog:

http://www.agrobiodiversidad.org/blog/?p=1039

La lista completa de áreas de trabajo se encuentra a continuación:

Área de trabajo

Tamaño de celda disponible
(en km para la zona del Ecuador)

1×1

5×5

10×10

20×20

Afghanistan

x

x

 

 

Albania

x

x

 

 

Algeria

x

x

x

 

Angola

x

x

 

 

Argentina

x

x

x

 

Armenia

x

x

 

 

Australia

 

 

x

x

Austria

x

x

 

 

Azerbaijan

x

x

 

 

Bahrain

x

x

 

 

Bangladesh

x

x

 

 

Belarus

x

x

 

 

Belgium

x

x

 

 

Benin

x

x

 

 

Bolivia

x

x

 

 

Bosnia Herzegovina

x

x

 

 

Botswana

x

x

 

 

Brasil

x

x

x

 

Bulgaria

x

x

 

 

Burkina Faso

x

x

 

 

Burundi

x

x

 

 

Cambodia

x

x

 

 

Cameroon

x

x

 

 

Canada

 

 

x

x

Central African
Republic

x

x

 

 

Chad

x

x

 

 

Chile

x

x

 

 

Chile continental

 

x

x

 

China

 

 

x

x

Christmas Island

x

x

 

 

Colombia

x

x

 

 

Costa Rica

x

x

 

 

Cote dIvoire

x

x

 

 

Croatia

x

x

 

 

Cuba

x

x

 

 

Cyprus

x

x

 

 

Czech Republic

x

x

 

 

Democratic Rep
of the Congo

x

x

 

 

Denmark

x

x

 

 

Djibouti

x

x

 

 

East Timor

x

x

 

 

Ecuador

x

x

 

 

Egypt

x

x

 

 

El Salvador

x

x

 

 

Equatorial Guinea

x

x

 

 

Eritrea

x

x

 

 

Estonia

x

x

 

 

Ethiopia

x

x

 

 

Europe

x

x

 

 

Finland

x

x

 

 

France

x

x

 

 

French Guiana

x

x

 

 

French South Territ

x

x

 

 

Gabon

x

x

 

 

Gambia

x

x

 

 

Georgia

x

x

 

 

Germany

x

x

 

 

Ghana

x

x

 

 

Greece

x

x

 

 

Guatemala

x

x

 

 

Guinea

x

x

 

 

Guinea-Bissau

x

x

 

 

Guyana

x

x

 

 

Honduras

x

x

 

 

Hungary

x

x

 

 

Iceland

x

x

 

 

India

x

x

x

 

Indonesia

x

x

 

 

Iran

x

x

 

 

Iraq

x

x

 

 

Ireland

x

x

 

 

Israel

x

x

 

 

Italy

x

x

 

 

Japan

x

x

 

 

Jordan

x

x

 

 

Kazakhstan

x

x

x

 

Kenya

x

x

 

 

Kuwait

x

x

 

 

Kyrgyzstan

x

x

 

 

Laos

x

x

 

 

Latvia

x

x

 

 

Lebanon

x

x

 

 

Lesotho

x

x

 

 

Liberia

x

x

 

 

Libya

x

x

 

 

Lithuania

x

x

 

 

Macedonia

x

x

 

 

Madagascar

x

x

 

 

Malawi

x

x

 

 

Malaysia

x

x

 

 

Mali

x

x

 

 

Mauritania

x

x

 

 

Mayotte

x

x

 

 

Meso America

 

 

x

x

Mexico

x

x

x

 

Moldova

x

x

 

 

Mongolia

x

x

x

 

Montenegro

x

x

 

 

Morocco

x

x

 

 

Mozambique

x

x

 

 

Myanmar

x

x

 

 

Namibia

x

x

 

 

Nepal

x

x

 

 

Netherlands

x

x

 

 

New Zealand

x

x

 

 

Nicaragua

x

x

 

 

Niger

x

x

 

 

Nigeria

x

x

 

 

North Korea

x

x

 

 

Norway

x

x

 

 

Oman

x

x

 

 

Pakistan

x

x

 

 

Palestina

x

x

 

 

Panama

x

x

 

 

Papua New Guinea

x

x

 

 

Paraguay

x

x

 

 

Peru

x

x

 

 

Philippines

x

x

 

 

Poland

x

x

 

 

Portugal

x

x

 

 

Qatar

x

x

 

 

Republica Dominicana

x

x

 

 

Republic of Congo

x

x

 

 

Romania

x

x

 

 

Russia

 

 

x

x

Rwanda

x

x

 

 

Sao Tome and Principe

x

x

 

 

Saudi Arabia

x

x

 

 

Senegal

x

x

 

 

Serbia

x

x

 

 

Sierra Leone

x

x

 

 

Singapore

x

x

 

 

Slovakia

x

x

 

 

Slovenia

x

x

 

 

Somalia

x

x

 

 

South Africa

x

x

 

 

South America

 

 

x

x

South Korea

x

x

 

 

South Sudan

x

x

 

 

Spain

x

x

 

 

Sri Lanka

x

x

 

 

Sudan

x

x

 

 

Suriname

x

x

 

 

Swaziland

x

x

 

 

Sweden

x

x

 

 

Switzerland

x

x

 

 

Syria

x

x

 

 

Taiwan

x

x

 

 

Tajikistan

x

x

 

 

Tanzania

x

x

 

 

Thailand

x

x

 

 

Togo

x

x

 

 

Tunisia

x

x

 

 

Turkey

x

x

 

 

Turkmenistan

x

x

 

 

Uganda

x

x

 

 

Ukraine

x

x

 

 

United Arab Emirates

x

x

 

 

United States

 

 

x

x

United Kingdom

x

x

 

 

Uruguay

x

x

 

 

Uzbekistan

x

x

 

 

Venezuela

x

x

 

 

Vietnam

x

x

 

 

Western Sahara

x

x

 

 

World

 

 

x

x

Yemen

x

x

 

 

Zambia

x

x

 

 

Zimbabwe

x

x

 

 

 

 

mar
14

Segundo Taller Regional CAPFITOGEN, Mayo 13 al 16 de 2014, Florianápolis, Brasil

Tengo el agrado de anunciar la fecha y lugar para nuestro siguiente Taller Regional sobre las herramientas CAPFITOGEN. El taller se llevará a cabo en la ciudad de Florianápolis, estado de Santa Catarina, Brasil, del 13 al 16 de Mayo del presente año. Para la realización de este Taller se contará con la colaboración de la Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina (EPAGRI).

Este taller está dirigido a técnicos de toda Latinoamérica, encargados de la colecta, conservación, caracterización, documentación y facilitación de uso de los recursos fitogenéticos conservados en los Programas Nacionales y otras entidades responsables de colecciones de germoplasma de caracter público (universidades, centros de investigación, etc.).

Como característica particular, en el segundo Taller Regional CAPFITOGEN serán presentadas la totalidad de las herramientas que inicialmente el Programa CAPFITOGEN se propuso desarrollar (GEOQUAL, ELCmapas, ECOGEO, Representa, DIVmapas, ColNucleo y FIGS_R). Con todas ellas se realizarán prácticas y demostraciones de uso, con la idea de que los técnicos representantes de cada país latinoamericano tengan suficiente capacidad para: 1) adaptar sus propios datos de acuerdo a los requerimientos de las herramientas, 2) realicen análisis con las diferentes herramientas y lleguen a realizar su trabajo de manera mucho más eficiente y 3) puedan ser un medio de difusión de las herramientas en su país. También se entregará un nuevo manual de usuario y probablemente las herramientas vendrán en un formato multilenguaje, inicialmente introduciendo la versión en inglés y portugués.

El taller es de caracter gratuito, si bien hay plazas limitadas y se reserva un cupo para un (1) técnico por país lationamericano. Ese cupo se otorga a la persona que cada autoridad nacional (particularmente los puntos focales del Tratado) proponga como la más apropiada para recibir el entrenamiento. El programa CAPFITOGEN cubrirá todos los gastos  derivados de su participación a los técnicos propuestos desde países parte del Tratado. Técnicos propuestos por autoridades nacionales provenientes de otros países (no parte) deberán financiar con fondos propios su participación (transporte, alojamiento y alimentación), su inscripción al Taller será en todo caso gratuita.

Personas interesadas en asistir a éste Taller deben descargar y diligenciar el formulario de nominación y enviarlo a los puntos focales del Tratado (coordinadores nacionales, busque el suyo en ésta dirección http://www.planttreaty.org/es) o autoridades nacionales equivalentes (consulte con la Oficina Nacional de FAO). Este formulario se puede descargar desde la siguiente dirección: http://www.planttreaty.org/es/capfitogen El punto focal o autoridad nacional deberá seleccionar al técnico apropiado y enviar su nominación a la secretaría del Tratado/coordinación del Programa CAPFITOGEN (capfitogen@fao.org) antes del 25 de Marzo. Los técnicos interesados no deben enviar directamente el formulario a la secretaría del Tratado/coordinación CAPFITOGEN. Posteriormente en un plazo corto, el Tratado se pondrá en contacto con los técnicos nominados para arreglar detalles de su asistencia al Taller.

En caso de que Ud. esté interesado en asistir, no deje pasar la fecha límite para enviar su nominación al punto focal o autoridad nacional equivalente.

El Programa y las herramientas CAPFITOGEN son una iniciativa del Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura (TIRFAA), con la financiación del Gobierno de España y la colaboración del Centro Nacional de Recursos Fitogenéticos del Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria de España (CRF-INIA), el Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medioambiente de España, la Universidad Politécnica de Madrid y la Universidad Rey Juan Carlos.

Utilización de la herramienta ELC mapas

Utilización de la herramienta ELC mapas

mar
04

FIGS_R, una herramienta para facilitar e incrementar el uso de los recursos fitogenéticos

Tengo el agrado de comunicar que la última de las herramientas que el programa CAPFITOGEN tiene inicialmente contempladas, FIGS_R, ya ha sido desarrollada y ahora se puede descargar y utilizar con las restantes seis herramientas (ver instrucciones de descarga, ensamblaje e instalación aquí).

La herramienta FIGS_R permite identificar grupos de entradas (subcolección FIGS) dentro de una colección ex situ de germoplasma (o incluso es válida también para seleccionar poblaciones in situ georreferenciadas de una especie objetivo) que tendrían mayor probabilidad de contener ciertas características adaptativas requeridas en programas de mejoramiento de cultivos.  La identificación de las entradas se realiza basada en las condiciones ambientales de tipo abiótico de los respectivos sitios de recolección.

Ilustración del proceso que ejecuta FIGS_R para la obtención de subcolecciones FIGS

Ilustración del proceso que ejecuta FIGS_R para la obtención de subcolecciones FIGS

La herramienta FIGS_R tiene cierta relación con la herramienta ColNucleo, pero las diferencia una característica esencial: FIGS_R produce subcolecciones sesgadas hacia el interés de los mejoradores, mientras el rasgo principal de ColNucleo es la representatividad, que la colección núcleo producida represente de la mejor manera posible la variación ecogeográfica de la colección original. Adicionalmente se pueden producir varias subcolecciones FIGS, tantas como rasgos de interés para mejora asociados a factores abióticos existan. En contraste, como regla general, sólo una colección núcleo de alta representatividad es necesaria.

Se espera que la herramienta FIGS_R sea un paso más en el logro de una amplia y efectiva utilización de la agrobiodiversidad conservada en diversas instituciones latinoamericanas que procuran su conservación, particularmente por parte de Programas Nacionales.

Es una verdadera satisfacción haber completado el conjunto de herramientas CAPFITOGEN, las cuales progresivamente vienen ganando espacio y aplicabilidad en el mundo de los recursos fitogenéticos. Las herramientas CAPFITOGEN son la materialización de una idea concreta de desarrollo de tecnología apropiada, de su transferencia y consecuente entrenamiento.

feb
04

Colecciones núcleo/nucleares (core collections) ecogeográficas al alcance de todos con la herramienta ColNucleo

En la última actualización de las herramientas CAPFITOGEN, descargables desde Google drive siguiendo éstas indicaciones, aparece la nueva herramienta denominada ColNucleo, la cual permite de manera muy fácil la creación de colecciones núcleo (término para Latinoamérica) o nucleares (término para España) de tipo ecogeográfica.  Una colección núcleo ecogeográfica permite representar en un conjunto reducido de entradas, toda la diversidad adaptativa ambiental contenida en la colección, particularmente la de las entradas cuyo sitio de recolección ha sido georreferenciado mediante coordenadas.

La herramienta ColNucleo recrea una de las metodologías recomendadas en el artículo:

M. Parra-Quijano, J.M. Iriondo, M. de la Cruz, M.E. Torres. 2011. Strategies for the development of core collections based on ecogeographical data. Crop Science 51:656-666

(Si quiere saber más acerca de esta publicación, en esta nota de blog la podrá encontrar)

específicamente la que usa un mapa de caracterización ecogeográfica del territorio (ELC) como método de agrupación de las entradas. Este tipo de mapas a su vez se pueden obtener de manera sencilla con la herramienta “ELC mapas” que también hace parte del paquete de herramientas CAPFITOGEN.

De esta manera, en cuestión de minutos cualquier curador de banco de germoplasa que tenga interés en crear una subcolección de este tipo lo podrá hacer, sin requerimientos de datos de caracterización fenotípica o genotípica. Se trata de una solución que supone un primer paso en el estudio y facilitación de uso de muchas colecciones de germoplasma que antes no podían ser abordadas. Se requiere sólo datos de pasaporte que contengan coordenadas del sitio de recolección y conocimiento sobre la especie para el desarrollo de un mapa ELC.  Si tuviera dudas sobre la calidad de la georreferenciación de los sitios de recolección apuntados en sus datos de pasaporte, puede usar la herramienta GEOQUAL previamente y determinar un umbral mínimo de calidad. El proceso de obtención de colecciones núcleo se resume en el siguiente gráfico:

Proceso que sigue ColNucleo para la obtención de colecciones núcleo/nucleares ecogeográficas

Proceso que sigue ColNucleo para la obtención de colecciones núcleo/nucleares ecogeográficas

El usuario debe introducir parámetros como el tipo de afijación (asignación de cuotas a cada categoría ecogeográfica del mapa) que desea usar, la intensidad de muestreo o si desea usar datos de disponibilidad de entradas. Para más información, puede descargar el manual de las herramientas CAPFITOGEN (haga click aquí para ello) y ver capítulo 8.

ene
23

Evento “Incremento de la Utilización de Acervos Genéticos” – Fecha límite para envío trabajos

El consorcio PGR secure (Séptimo Programa Marco de la Unión Europea) organiza la Conferencia Internacional denominada “Incremento de la Utilización de Acervos Genéticos: Capturando la Diversidad de Parientes Silvestres y Variedades Locales  para el Mejoramiento de Cultivos”  (ENHANCED GENEPOOL UTILIZATION ‒ Capturing wild relative and landrace diversity for crop improvement), el cual se llevará a cabo en Cambridge (UK), del 16 al 20 de Junio de 2014. Quienes estén interesados en participar en el evento a través del sometimiento de trabajos, tienen hasta el 29 de Enero (fecha límite) para enviar sus resúmenes.

dic
25

Herramientas CAPFITOGEN disponibles mediante descarga online / CAPFITOGEN tools available through direct download

Atención: Para descargar la última versión de las herramientas CAPFITOGEN visite la siguiente web:

http://www.capfitogen.net/es/acceso/capfitogen-descarga-online/

Attention: Please download the last version of the CAPFITOGEN tools from

http://www.capfitogen.net/en/access/download-from-internet/

(outdated information below)

Buenas noticias!. Ahora es posible que cualquier técnico interesado en usar las herramientas CAPFITOGEN, pueda descargar la última versión desde el servicio de Google Drive. Posteriormente será posible descargarlas mediante clientes FTP.

La versión que a descargar posee las siguientes mejoras respecto a la versión 1.0 (lanzada en Marzo de 2013):

  •  Sistema facilitado de instalación
  • Incluye las siguientes siete herramientas:
    1. TesTable: Detecta y opcionalmente corrige los errores y problemas presentes en las tablas que el usuario introduce en los análisis (disponible desde 28/08/2014)
    2. GEOQUAL: Realiza una evaluación de la calidad de la georreferenciación de los datos de pasaporte (sitios de recolección).
    3. ELC mapas: Permite obtener mapas de caracterización ecogeográfica del terreno (ELC en sus siglas en inglés) que reflejan escenarios adaptativos para una especie y país o región determinada.
    4. Representa: Permite hacer un análisis de representatividad ecogeográfica de una especie dentro de una colección de germoplasma.
    5. ECOGEO: Hace una caracterización ecogeográfica de los sitios de recolección del germoplasma, El usuario puede trabajar con más de cien variables disponibles.
    6. DIV mapas: Permite la obtención de mapas de diversidad ecogeográfica, fenotípica y/o genotípica, obtenidos mediante la determinación de distancias ecogeográficas, fenotípicas o genotípicas promediadas por vecindades geográficas.
    7. ColNucleo: Permite la obtención de colecciones núcleo/nucleares de tipo ecogeográficas a partir de mapas ELC.
    8. FIGS_R: Permite la obtención de subcolecciones FIGS con o sin balanceo ecogeográfico a partir de mapas ELC.
  • Las herramientas están disponibles para más de 160 países, dos regiones (Mesoamérica y Suramérica), un continente (Europa) y a escala global.
  • Las herramientas GEOQUAL y ELC mapas ofrecen resultados más detallados.
  • Se incluye un manual de usuario unificado (con capítulos por herramienta) en español, portugués o inglés,  con contenidos mucho más completos.

Recuerde que las herramientas CAPFITOGEN funcionan sobre el sistema operativo Windows, al ser éste el más común entre técnicos de Latinoamérica.

Al tratarse de archivos de considerable volumen de bytes a ser descargados, es importante disponer de un acceso a internet de alta velocidad o de suficiente tiempo de conexión para completar la descarga. Esperamos que a partir de este procedimiento de descarga desde internet, el proceso de distribución se agilice y podamos llegar a países, programas, centros y/o universidades mucho más rápido que por medio de la distribución por memorias USB vía correo postal, el cual nos reservaremos para usuarios que no tengan posibilidad de acceso a la red.

Las instrucciones de descarga y ensamblaje de las herramientas son las siguientes:

1. Asegúrese que dispone de un software de compresión de archivos ALZip, u otro software similar que pueda descomprimir archivos en formato .alz. Instaladores del software ALZip se pueden descargar desde la siguiente dirección:

http://www.altools.com/ALTools/ALZip.aspx

(cuando termine la instalación de ALZip, use la opción “trial version” para que su uso sea gratuito).

2. Diríjase al siguiente sitio web para descargar el cuerpo principal de las herramientas (no hace falta iniciar ninguna sesión en Google para realizar la descarga):

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BaENjekZKcjRfSlk/edit?usp=sharing

(actualizado a 28/08/2014)

Este archivo ocupa alrededor de 2.6 Gb, lo que puede hacer difícil su descarga por el tiempo que puede tardar, especialmente en sitios con conexiones de internet lentas. Por ello se ha puesto a disposición una versión más ligera del cuerpo principal de las herramientas, que sólo ocupa alrededor de 500 Mb pero que excluye en su contenido la herramienta GEOQUAL. La versión ligera se puede descargar desde el siguiente link:

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BTDRFbE9KSm1kVm8/edit?usp=sharing

(actualizado a 28/08/2014)

3. Descargue el cuerpo central de las herramientas en su disco duro o cualquier unidad de disco con espacio suficiente, que corresponde al archivo comprimido CAPFITOGEN.alz (versión completa de 2.6 Gb) o CAPFITOGEN.zip (versión ligera de 731 Mb). Por favor, tenga en cuenta que los archivos CAPFITOGEN.zip o CAPFITOGEN.alz descomprimidos pueden ocupar entre 0.9 y 5.6 Gb. Para realizar el proceso de descarga en Google drive, haga click sobre el menú “Archivo” y luego haga click sobre la opción “Descargar”.  Algunas veces se puede abrir una ventana de descarga adicional que anuncia que no puede revisar con antivirus el archivo a descargar por su tamaño, en este caso haga click en “Descargar de todos modos”.

4. Diríjase al siguiente sitio web para seleccionar y descargar el archivo .alz correspondiente al país o región que se desea analizar:

https://drive.google.com/folderview?id=0B-4W7NMFAn9cWjZRM0UxUmlBUWM&usp=sharing

(actualizado a 02/04/2014)

Busque el nombre del país o área que desea trabajar. Una vez lo encuentre, descargue el archivo .alz correspondiente. Al hacer click sobre la carpeta con el nombre del país o región, se mostrará una capa negra con el aviso “Lo sentimos. La vista previa no está disponible”, haga click en el botón de color azul “Descargar”.

Puede descargar tantos archivos de países o regiones como su unidad de disco lo permita. Tenga en mente que estos archivos se tendrán que descomprimir, y para casos de países de mayor superficie, se puede llegar a requerir un espacio de hasta 10 Gb para alojar los contenidos descomprimidos.

5. Descomprima el archivo (descargado en el paso 3) CAPFITOGEN.alz en la raíz de una unidad de disco (por ejemplo C:\). La unidad de disco debe contar con un espacio disponible mayor a 8 Gb.

Nota: puede que requiera aun más espacio, dependiendo de los países o áreas que desee trabajar con las herramientas. Si eligió la raíz del disco C:\ para ubicar el cuerpo de las herramientas, la descompresión debe generar una carpeta llamada CAPFITOGEN, si no lo hace, por favor, cree manualmente esta carpeta de tal manera que la ruta para llegar al cuerpo de las herramientas siempre quede así:

C:\CAPFITOGEN

Si entra en esta carpeta, debe encontrar varias carpetas y archivos, que componen el cuerpo central de las herramientas.

6. Descomprima el contenido de los archivos para país o región descargados (paso 4) en la carpeta “rdatamaps” que encontrará dentro de la carpeta “CAPFITOGEN” que se generó al descomprimir el cuerpo central de las herramientas (paso 5).

7. Cerciórese que la información quedó correctamente ubicada. Si por ejemplo, se descomprimió el cuerpo central de las herramientas en C:\ y el país seleccionado para ser trabajado fue Argentina, la ruta resultante de la descompresión del paso 6 debería ser:

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina

Si hace click sobre la carpeta “argenitna”, debe encontrar dos carpetas (“1×1″ y “5×5″), que en forma de ruta se verían de la siguiente manera:

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina\1×1 y

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina\5×5

8. Ya puede proceder a la instalación de las herramientas haciendo click sobre el archivo CAPFITOGEN.exe. Siga las instrucciones de instalación que se encuentran en el manual a su disposición (HerramientasCAPFITOGEN.pdf) dentro del conjunto de archivos y carpetas de las herramientas o que se puede descargar directamente desde la ubicación:

Portada del nuevo manual de las herramientas CAPFITOGEN versión 1.2

Portada del nuevo manual de las herramientas CAPFITOGEN versión 1.2

https://drive.google.com/file/d/0B-4W7NMFAn9cMDFkMmFqN3h0VWs/edit?usp=sharing

(actualizado a 02/04/2014)

9. Si Ud. ya ha descargado e instalado previamente las herramientas (desde Mayo de 2014) y desea hacer sólo una actualización, no es necesario que descargue todo el cuerpo central de las herramientas, simplemente descargue el archivo “x86.zip” desde el siguiente link:

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BSVR5RTUtUE9BSHc/edit?usp=sharing

(actualizado a 28/08/2014)

Una vez descargado debe descomprimir el archivo en alguna carpeta temporalmente. El resultado será una carpeta llamada “x86″ que reemplazará a la de mismo nombre que se encuentra en su instalación de las herramientas, dentro de la carpeta “CAPFITOGEN”. Una vez hecha la sustitución, ya puede utilizar normalmente las herramientas. Para realizar la sustitución se recomienda eliminar primero la carpeta x86 de la ruta CAPFITOGEN\x86 y luego pegar la carpeta “x86″ fruto de la descompresión.

Comparado con al descarga del cuerpo central de las herramientas, la descarga del archivo “x86.zip” es mucho más rápida ya que éste último es sólo un 7% (175 Mb) aproximadamente del tamaño de “CAPFITOGEN.alz”.

***************************************************

Herramientas CAPFITOGEN versión 1.2

Mauricio Parra Quijano, PhD

Autor herramientas y Coordinador

Programa para el Fortalecimiento de las Capacidades en Programas Nacionales de Recursos Fitogenéticos de América Latina

Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura / FAO

Financiación: Gobierno de España

2014

********************************************

Cualquier duda, comentario, o necesidad de asistencia, por favor diríjase a los siguientes email:

mauricio.parra(at)fao.org

capfitogen(at)fao.org

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English versión

Good news! We made it possible for any interested technician to use the CAPFITOGEN tools, whose latest version can be downloaded from Google Drive service. We intend to make it accessible via FTP clients in the very near future.

The available version has the following improvements in addition to features included in version 1.0 (released in March 2013):

  •  Easier system installation
  • It includes the following seven tools:
  1. TesTable: Detection and correction of errors and problems in the input tables (available from 28/08/2014).
  2. GEOQUAL:Performs quality assessment of geo-referenced passport data (collecting sites).
  3. ELC mapas: Provides maps of eco-geographical terrain characterization (ELC as acronym in English) which, for a given species, show adaptive scenarios for a country or region.
  4. Representa: Allows the user to analyze an eco-geographical representativeness of a given species within a germplasm collection.
  5. ECOGEO: An eco-geographical characterization of the germplasm collecting sites. The user can work with more than one hundred available variables.
  6. DIV mapas: Allows the user to obtain maps of eco-geographic, phenotypic and/or genotypic diversity, obtained by determining averaged ecogeographical, phenotypic or genotypic distances by neighborhood or influence zones, respectively.
  7. ColNucleo: Allows the user to obtain eco-geographical core collections from ELC maps (from “ELC mapas” tool).
  8. FIGS_R: Allows the user to obtain “FIGS” subsets by filtering method . Alternatively the user may use ELC maps (from “ELC mapas” tool) in order to balance the germplasm selection.
  • The tools are available in over 160 countries, two regions (Mesoamerica and South America), one single continent (Europe) and at global scale.
  • The GEOQUAL and ELC mapas tools provide more detailed results.
  • Unified user manual is included (with chapters for each tool) in Spanish, Portuguese or English, with more complete documentation.

Please keep in mind that CAPFITOGEN tools work on Windows (Microsoft) operating system, as this is the most common operative system among technicians in Latin America.

Taking into account that these are large files to be downloaded, it is important to have access to broadband internet or at least a connection time long enough to complete the download. We expect from this download procedure to help speed up the distribution process and reach countries, programs, centers and/or universities much faster than via USB memory distributed by regular mail. This distribution procedure will be exclusively used to give support to users with no network access.

The instructions for the correct download and implementation of the tools’ installer are as follows:

1. Make sure you have ALZip file compression software, or similar software that can unzip files with .alz extension. Installer for ALZip software can be downloaded from the following address:

http://www.altools.com/ALTools/ALZip.aspx

(after the installation of ALZip, use the “trial version” option to have free access)

2. Go to the following website to download the main package of the tools’ installer (no need to start session in Google to proceed with the download):

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BaENjekZKcjRfSlk/edit?usp=sharing

(updated 28/08/2014)

This file is about 2.6 Gb, then download it may takes long times depending on the internet connection. There is available a lighter version which does not includes GEOQUAL tool and is only about  731 Mb. This version can be downloaded from this link:

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BTDRFbE9KSm1kVm8/edit?usp=sharing

(updated 28/08/2014)

3. Download the main package of the tools’ installer called CAPFITOGEN.alz (complete toolkit version) or CAPFITOGEN.zip (light version without GEOQUAL tool), on your hard or flash drive with enough free space. Please consider that CAPFITOGEN.alz or CAPFITOGEN.zip  files are  5.5 or 0.9 Gb decompressed respectively. To complete the downloading process, click on the “File” menu, then click “Download”. Sometimes a download interface might appear, in this case click on “Download anyway”.

4. Go to the following website to select and download the .alz file for the country or region you wish to be analyzed.

https://drive.google.com/folderview?id=0B-4W7NMFAn9cWjZRM0UxUmlBUWM&usp=sharing

(updated 02/04/2014)

Find the country or area you want to work from the available options. Once you find and select it, download the corresponding .alz file. If you click on the folder with the name of the country or region, a black layer will be displayed with the following message “Sorry, no preview is available”, click then on the blue “Download” button.

You can download as many files (countries/regions) as your drive allows. However, keep in mind that these files will eventually have to be decompressed, consequently, for large countries, you might require space enough to accommodate up to 10 Gb of uncompressed content.

5. Unzip the file (downloaded in step 3) CAPFITOGEN.alz in the root of the hard or USB drive (eg C:\). The drive must have more than 6Gb of free space available.

Note: you might need even more space, depending on the country or area you want to work with.

If you selected the root of the C drive to locate the decompressed files, a new folder named “CAPFITOGEN” should be created (if not, please create it manually). Thus the path always should look like:

C:\CAPFITOGEN

If you go into the decompressed folder (called “CAPFITOGEN”), you should find several folders and files that form the main package of the installer.

6. Unzip the contents of the compressed files for the selected country or region (step 4) in the “rdatamaps” folder located inside the “CAPFITOGEN” folder that was created when you unzip ”CAPFITOGEN.alz” file (step 5).

7. Make sure that the content of the compressed files for the selected countries/regions has been properly placed. If, for example, the main package of the tools’ installer (“CAPFITOGEN.alz” file) has been decompressed in C: \ and the selected country/region was Argentina, the resulting route in step 6 should be:

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina

If you click on the “Argentina” folder, you should find two folders (“1×1″ and “5×5″), whose location routes would look as follows:

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina\1×1

and

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina\5×5

8. You can now proceed with the installation of the tools by clicking on CAPFITOGEN.exe file located into the CAPFITOGEN folder. Follow the installation instructions in the available user’s manual (CAPFITOGENtools.pdf) located within the set of files and folders that you can download directly from:

https://drive.google.com/file/d/0B-4W7NMFAn9ceHRVVlE5V2pyQW8/edit?usp=sharing

(updated 15/06/2014)

Cover of the new user’s manual of the CAPFITOGEN tools version 1.2

Cover of the new user’s manual of the CAPFITOGEN tools version 1.2

9. If you have already downloaded and installed the tools previously (since June 2014) and just wish to upgrade the software, it is not necessary to download the complete tool package, just download the “x86.zip” file from the following link:

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BSVR5RTUtUE9BSHc/edit?usp=sharing

(updated 28/08/2014)

Once downloaded, the file should be unzipped in a temporary folder. A folder called “x86″ will then be created, replacing the existing folder in the same location, within the “CAPFITOGEN” tools folder. Once the substitution is completed, the user can access the new tools. For any replacement it is recommended to first remove the x86 folder (from CAPFITOGEN\x86) and then paste the “x86″ folder (from the zip file).

The download of the x86 zip file is much faster than that of the tools main package, since “x86.zip” is only about 7% of the size of “CAPFITOGEN.alz” (175 Mb).

********************************************

CAPFITOGEN tools – version 1.2

Mauricio Parra Quijano, PhD

Tools’ author and Programme Coordinator

Programme to Strengthen National Plant Genetic Resource Capacities in Latin America

International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture/ FAO

Funding: Govern of Spain

2014

********************************************

Any questions, comments, or assistance request, please refer to the following emails:

mauricio.parra(at)fao.org

capfitogen(at)fao.org

dic
15

CAPFITOGEN en SIRGEALC y PAEM

El pasado 26 de Noviembre fueron presentadas las herramientas CAPFITOGEN a la comunidad científica latinoamericana reunida en el Simposio Internacional sobre Recursos Genéticos de América Latina y el Caribe SIRGEALC, que se llevó a cavo en Acajutla, Sonsonate (El Salvador). Durante la conferencia magistral se enseñaron las cinco herramientas disponibles en la actualidad, las actividades de talleres regionales y nacionales y el esquema de transferencia de tecnología seguida por nuestro Programa de Fortalecimiento de las Capacidades en Programas Nacionales que conservan Agrobiodiversidad en América Latina.

Cabe destacar el interés que generaron las herramientas en técnicos y directivos de muchas instituciones latinoamericanas, quienes a través de la conferencia pudieron apreciar posibles aplicaciones en sus actividades rutinarias de conservación así como en proyectos, análisis e investigaciones, todas ellas alrededor de los recursos fitogenéticos dentro del contexto latinoamericano.

Agradezco la cálida atención de los organizadores de SIRGEALC 2013, particularmente al CENTA, pues resultó muy grato y enriquecedor asistir, enterarse de todo lo que está aconteciendo en el mundo de la agrobiodiversidad en América Latina y el Caribe y encontrarse con viejos y nuevos amigos. El enorme esfuerzo de los organizadores de SIRGEALC para llevar a cabo de manera exitosa un evento de esta magnitud, seguro se verá recompensado.

SIRGEALC 2013 - Acajutla, El Salvador

SIRGEALC 2013 – Acajutla, El Salvador

SIRGEALC 2013

SIRGEALC 2013, Playas de Acajutla, El Salvador

SIRGEALC 2013 - Presentando el Programa y las herramientas CAPFITOGEN

SIRGEALC 2013 – Presentando el Programa y las herramientas CAPFITOGEN

 

SIRGEALC 2013 - En donde se conserva ex situ la agrobiodiversidad del mundo?

SIRGEALC 2013 – ¿En donde se conserva ex situ la agrobiodiversidad del mundo?

SIRGEALC 2013 - Muestra de los recursos genéticos del Salvador

SIRGEALC 2013 – Muestra de los recursos genéticos del Salvador

Por otra parte, el Programa CAPFITOGEN presentó su posible encaje dentro de Planes de Acción Estratégicos que resaltan el papel de los recursos fitogenéticos en el futuro de la agricultura dentro de un escenario de cambio global. El primer Plan, desarrollado para Mesoamérica, es un proyecto liderado por Bioversity y financiado por el tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura (TIRFAA).  El pasado 5 de Diciembre en Ciudad de Panamá, Bioversity presentó el documento final, el Plan de Acción Estratégico para Mesoamérica (PAEM), a todas las entidades participantes y algunas otras invitadas. Durante este evento, se expuso cómo las herramientas CAPFITOGEN y su esquema de transferencia de tecnología podrían ser una pieza más de estos planes de acción en los ejes de conservación y capacitación. La idea es que CAPFITOGEN permite que a nivel local o nacional, muchas entidades puedan realizar análisis para la toma de decisiones, desde un punto de vista local y bajo intereses locales, tantas veces como sea necesario, sin depender de agentes externos, lo cual en conjunto con análisis regionales (que no pueden ser tan dinámicos) realizados por expertos, resultan una combinación muy apropiada para la implementación de las medidas que señalan los planes de acción.

Recomiendo visitar el sitio web del PAEM: http://itzamna-mesoamerica.org/index.php

Agradecer a Bioversity por permitirnos compartir experiencias y así poder trabajar de forma conjunta en futuras iniciativas.

dic
15

Talleres nacionales CAPFITOGEN – Honduras 2013

Los días 28 y 29 de Noviembre de 2013 se llevó a cabo el tercer taller CAPFITOGEN de índole nacional en la ciudad de Comayagua, Honduras, mas exactamente en el Centro de Entrenamiento y Desarrollo Agrícola (CEDA). El taller fue organizado por el Comité Nacional de Recursos Fitogenéticos de Honduras, CONAREFIH, en cabeza de Hilsy Sanabria, con el importante apoyo del punto focal del Tratado en Honduras, Marlon Durón y del Ing. de la Dirección de Ciencia y Tecnología Agropecuaria (DICTA), Narcizo Meza. La actividad ha resultado un éxito absoluto, gracias a la coordinación y logística dispuesta por el DICTA y el CONAREFIH. Fueron capacitados 24 técnicos pertenecientes a nueve instituciones nacionales de diferente naturaleza (universidades, centros de investigación públicos y privados, etc.).

Foto de grupo, Taller Nacional CAPFITOGEN - Honduras

Foto de grupo, Taller Nacional CAPFITOGEN – Honduras

Sólo resta agradecer a todos los participantes al taller y en especial a los organizadores por todos sus esfuerzos. El interés de los técnicos hondureños por las herramientas CAPFITOGEN permite pensar en una actividad a futuro, donde se enfatice en los aspectos prácticos de la transferencia de tecnología.

nov
18

Talleres nacionales CAPFITOGEN – España 2013

Los días 13 y 14 de Noviembre, se realizó el Taller Nacional sobre las herramientas CAPFITOGEN para técnicos y curadores de la Red de Colecciones del Inventario Nacional de Recursos Fitogenéticos de España. El evento contó con el apoyo del Departamento de Biología Vegetal de la Universidad Politécnica de Madrid y el Centro Nacional de Recursos Fitogenéticos del Instituto Nacional de Investigaciones Agrarias y Alimentarias (CRF-INIA).  Se congregaron cerca de 25 asistentes,  entre técnicos de bancos de germoplasma venidos de diversas zonas del país y alumnos del máster de Recursos Fitogenéticos que imparte el Departamento antes mencionado.

Como ya viene siendo habitual, este Taller de índole nacional tuvo una duración de día y medio, es de tipo intensivo y en el se explica el desarrollo del Programa para el Fortalecimiento de las Capacidades en Programas Nacionales de Recursos Fitogenéticos para Latinoamérica (CAPFITOGEN), las bases teóricas de la aplicación de ecogeografía y SIG en el manejo de las colecciones ex situ y se realizó una demostración del funcionamiento de las cinco herramientas CAPFITOGEN disponibles.

Con este  Taller realizado en España, el Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura y la coordinación del Programa CAPFITOGEN desean expresar su gratitud al país que ha financiado la totalidad de la iniciativa. Por otra parte se demuestra que las herramientas inicialmente diseñadas para Latinoamérica son igualmente útiles para otras partes del mundo. Se espera que con su próxima traducción a otras lenguas, el impacto de su aplicación se multiplique por otras regiones diferentes al objetivo inicial.

El Taller contó con una activa participación de los asistentes, quienes como lo expresaron claramente, ven en las herramientas un apoyo en las labores usuales de recolección, conservación, estudio y utilización del germoplasma.  También algunos de ellos mostraron interés en las nuevas herramientas, queriendo sumar sus conocimientos para un óptimo desarrollo de las mismas.

A continuación se publican las presentaciones que hacen parte del esquema de Talleres Nacionales del Programa CAPFITOGEN, para que los asistentes puedan visualizarlas en el momento que lo deseen por el servicio Slideshare.









oct
01

Talleres nacionales CAPFITOGEN – Cuba 2013

Para mi constituye una verdadera satisfacción el haber realizado el primer taller de nivel nacional sobre las herramientas CAPFITOGEN, en Sancti Spiritus, Cuba, los días 5 y 6 de Septiembre de 2013. El interés de los técnicos cubanos en recibir las herramientas y el adiestramiento,  la voluntad inequívoca para organizar el evento por parte de la estación de Sancti Spiritus del Instituto de Pastos y Forrajes con el apoyo de su sede principal de la Habana y la participación decidida de diversas instituciones nacionales como el Instituto Nacional de Investigaciones Fundamentales en Agricultura Tropical (INIFAT) y diferentes universidades, hicieron que desde la coordinación del Programa CAPFITOGEN nos planteáramos los talleres nacionales como una vía más para la difusión de nuestras herramientas. La estrategia de talleres nacionales funciona de la siguiente manera: los técnicos de un país a través de sus instituciones demuestran interés en recibir las herramientas, están dispuestos a organizar el evento y cubrir la logística y gastos de organización del mismo, y a partir de la disponibilidad de financiación y tiempo, el Programa CAPFITOGEN se encarga de llevar la persona que hace la entrega de herramientas y la capacitación. Esta sinergia se dio para el caso de Cuba, y a raíz de ello realizamos el evento que resultó ser una experiencia muy positiva y enriquecedora tanto para los técnicos cubanos como para nuestro Programa. En tres palabras, un éxito completo.

Se dieron cita más de 35 técnicos de  hasta 12 instituciones diferentes, con una representación casi completa de la Comisión Nacional de Recursos Fitogenéticos. Este tipo de taller nacional, de dos días de duración, introduce de forma intensiva los conceptos necesarios para entender el funcionamiento y capacidad de las herramientas CAPFITOGEN y posteriormente se realiza una demostración de cada una de las herramientas. Finalmente se entregan varias memorias USB con el set de herramientas para que sean distribuidas y copiadas entre los asistentes, que las aplicarán a la vuelta a sus sitios de trabajo. Es interesante ver que mas que gastos por la organización de un taller nacional, la inversión es más de tiempo del comité organizador, del cual sin duda depende la realización perfecta de un taller nacional, algo que ocurrió en Cuba y por lo que estoy muy agradecido con Tomás Cancio, director de la estación de Pastos y Forrajes de Sancti Spiritus, Orquídia Alvarez, investigadora del mismo centro y gran amiga, y de todo el resto del personal de esta Estación (Yamilka, Emigdio, Maribel, Carlos, Yaldreisy, etc.) así como el personal de esta institución en la sede central de la Habana (Jahel Echavarría, directora encargada del Instituto, don Gustavo Febres, Roberto y el pequeño Gonzalo, el investigador más joven de Cuba). También agradecer el decidido apoyo de  Lianne Fernandez, del INIFAT y punto focal de Cuba ante el Tratado, quien asistió al taller regional de Bogotá y desde entonces apoya decididamente la difusión de las herramientas. Al resto de los asistentes, damos las gracias por su activa participación.

Vale la pena anotar que en Cuba durante muchos años y hasta el 2007 se llevaba a cabo un evento internacional bianual en recursos fitogenéticos denominado FITOGEN (agradable coincidencia parcial de siglas), organizado por la Estación de Pastos y Forrajes de Sancti Spiritus, el cual por diversas causas de índole interno se dejo de hacer. Mis colegas de la Estación piensan que el taller nacional CAPFITOGEN puede llegar a ser el revulsivo necesario para retomar su evento original y compartir experiencias de conservación y uso de la agrobiodiversidad. Que así sea!

Les dejo con unas imágenes del evento. El próximo taller nacional será en Madrid, España y posteriormente en Tegucigalpa, Honduras, ambos durante Noviembre, donde esperamos seguir realizando nuestra labor de transferencia tecnológica hacia Programas Nacionales para la conservación y utilización sostenible de los recursos fitogenéticos.

Apertura del taller. En la foto, Manolito (maestro de ceremonias), Tomás, Lianne, Jahel y Gonzalito

Apertura del taller. En la foto, Manolito (maestro de ceremonias), Tomás, Lianne, Jahel y Gonzalito

Iniciando, primer día

Iniciando, primer día

Mapas

Mapas y casos de estudio

Los asistentes

Los asistentes

Asistentes

Asistentes

El grupo (no completo)

El grupo (no completo), nótese esa hermosa guayabera cubana

Mi buena amiga Orquídia, quien fue la cabeza de la organización de todo el evento. Su enorme sonrisa, como la Cuba misma.

Mi buena amiga Orquídia, quien fue la cabeza de la organización de todo el evento. Su enorme sonrisa, como la Cuba misma.

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