sep
09

Blog Agrobiodiversidad retoma sus contenidos generales habituales

Por coyunturas temporales el blog de Agrobiodiversidad dio cobijo por un par de años a todos los contenidos y noticias que el Programa CAPFITOGEN (Programa para el Fortalecimiento de las Capacidades en Programas Nacionales de Recursos Fitogenéticos de América Latina) iba produciendo. Gracias a nuevos esfuerzos, el Programa de transferencia de tecnología CAPFITOGEN y sus herramientas tendrán espacios propios, permitiendo así que el blog de Agrobiodiversidad retome sus objetivos de siempre, que son comentar lo bueno y lo malo, positivo y negativo, curioso y preocupante que ocurra en el mundo de la conservación y utilización de los recursos fitogenéticos.

ago
28

TesTable, nueva herramienta CAPFITOGEN / TesTable, the new CAPFITOGEN tool

Hemos terminado la nueva herramienta CAPFITOGEN llamada ‘TesTable’, con la cual los usuarios podrán conocer de posibles errores en su tabla de pasaporte de entrada y podrán elegir la corrección automática de dichos errores. Esta herramienta se entrega junto con una nueva actualización del conjunto completo de herramientas, donde hemos corregido algunos problemas reportados. El conjunto de ocho herramientas actualizadas se pueden descargar desde aquí:

http://www.agrobiodiversidad.org/blog/?p=1039

We have finished the designing and programming of the new CAPFITOGEN tool, called ‘TesTable’ . With this tool users will be able to detect all the problems in their input passport table, ‘auto-correct’ of these potential errors (optionally) and avoid future problems when they utilize the other CAPFITOGEN tools.  TesTable will be available at the same time with a new update of the complete toolkit, where some bugs noticed have been fixed… the eight tools can be downloaded from here:

http://www.agrobiodiversidad.org/blog/?p=1189

Parte inicial de la programación R de TesTable - Initial part fo the TesTable R script

Parte inicial de la programación R de TesTable – Initial part fo the TesTable R script

jul
16

“Estudios sobre el origen de las plantas cultivadas” N.I. Vavilov

Encontré ésta edición de 1951 de ”Estudios sobre el origen de las plantas cultivadas” de Nikolai I. Vavilov, un verdadero tesoro histórico. Las ideas de Vavilov sobre la distribución espacial y la adaptación ambiental de las especies cultivadas y sus parientes silvestres son aun hoy muy inspiradoras y dan en la actualidad un mayor valor a este tipo de estudios, repercutiendo en una mayor eficiencia en la conservación y uso de la agrobiodiversidad.  Gracias una vez más por habernos enseñado el camino!

Nikolai I. Vavilov, pionero en el estudio del origen de las especies cultivadas

Nikolai I. Vavilov, pionero en el estudio del origen de las especies cultivadas

Portada "Estudios sobre el origen de las plantas cultivadas" N.I. Vavilov

Portada “Estudios sobre el origen de las plantas cultivadas” N.I. Vavilov

 

Uno de los famosos mapas del origen de los cultivos de Vavilov. Para América Latina todo un contínuo desde Chile hasta el norte de México.

Uno de los famosos mapas del origen de los cultivos de Vavilov. Para América Latina, todo un contínuo desde Chile hasta el norte de México.

 

Un título que no deja lugar a dudas. Los traductores/editores de la versión realzan el trabajo de Vavilov

Un título que no deja lugar a dudas. Los traductores/editores de la versión realzan el trabajo de Vavilov

 

La importancia de los sistemas montañosos en el origen de la agricultura, sistemas creadores de microclimas

La importancia de los sistemas montañosos en el origen de la agricultura, sistemas creadores de microclimas

 

Vavilov utilizó al "cáñamo" (Cannabis sativa) como modelo. Esta planta (marihuana) tiene uso industrial como fuente de fibra casi desconocido.

Vavilov utilizó al “cáñamo” (Cannabis sativa) como modelo. Esta planta (marihuana) tiene un uso industrial como fuente de fibra casi desconocido.

 

Mapa de distribución del Lino (Linum usitatissimum), otro cultivo industrial.

Mapa de distribución del Lino (Linum usitatissimum), otro cultivo industrial.

 

Distribución de las cebadas

Distribución de las cebadas

 

Distribución de los trigos

Distribución de los trigos

 

La dedicatoria de Vavilov

La dedicatoria de Vavilov

 

Vavilov y colegas

Vavilov y colegas

 

jul
14

Presentaciones de los talleres CAPFITOGEN (español) están ahora disponibles

Es de nuestro agrado ofrecer a la comunidad CAPFITOGEN todas las presentaciones que ofrecemos en los talleres desde slideshare:

Apertura



Bases de la aplicación de la Ecogeografía en los recursos fitogenéticos



Herramientas GEOQUAL, ELCmapas y ECOGEO



Herramientas Representa y DIV mapas



Herramientas ColNucleo y FIGS_R



Instalación y primeros pasos herramientas CAPFITOGEN para la optimización de labores en recursos fitogenéticos



jul
14

CAPFITOGEN workshop presentations (english) are now available

I am glad to offer all presentations from CAPFITOGEN workshops in English:

Opening



Presentation 1 – Basis of the Application of Ecogeography in Plant Genetic Resources



Presentation 2 –GEOQUAL, ELCmapas and ECOGEO tools



Presentation 3 –Representa and DIVmapas tools



Presentation 4 –ColNucleo and FIGS_R tools



Presentation 5 – Installing and use



jun
24

Presentación de las herramientas CAPFITOGEN en inglés / CAPFITOGEN tools were presented in their english version

Ésta es la presentación con la que las herramientas CAPFITOGEN, EN SU VERSIÓN EN INGLÉS,  fueron dadas a conocer a la comunidad científico-técnica internacional que trabaja en Recursos Fitogenéticos en la conferencia Enhanced genepool utilization: capturing wild relative and landrace diversity for crop improvement, Cambridge UK, junio de 2014.

CAPFITOGEN tools were presented to the scientific and technical PGR community because their english version was recently released. This presentation was offered in the conference “Enhanced genepool utilization: capturing wild relative and landrace diversity for crop improvement”, Cambridge UK, June  2014.



Algunas imágenes de la presentación / some pictures from  the presentation

Churchill college, Cambridge, venue of the event

Churchill college, Cambridge, venue of the event

Opening

Opening

ITPGRFA is more than monetary benefit sharing

ITPGRFA is more than monetary benefit sharing

Our strategy to achieve building capacity

Our strategy to achieve building capacity

explanation about ELC mapas tool

Explanation about ELC mapas tool

Closing

Closing

Poster session. With argentinian colleagues we have presented an efficient collecting study on native forage species

Poster session. With argentinian colleagues we have presented an study about efficient collecting germplasm on native forage species

King's college, Cambridge

King’s college, Cambridge

Cam river

River Cam

Jesus green, Cambridge

Jesus green, Cambridge

Lower park St., Cambridge

Lower park St., Cambridge

A red telephone box in the way to the Churchill college

A red telephone box in the way to the Churchill college

 

jun
14

CAPFITOGEN tools available through direct download

Good news!

We made it possible for any interested technician to use the CAPFITOGEN tools (completely in english), whose latest version can be downloaded from Google Drive service. We intend to make it accessible via FTP clients in the very near future.

The available version has the following improvements in addition to features included in version 1.0 (released in March 2013):

  •  Easier system installation
  • It includes the following seven tools:
  1. TesTable: Detection and correction of errors and problems in the input tables (available from 28/08/2014).
  2. GEOQUAL:Performs quality assessment of geo-referenced passport data (collecting sites).
  3. ELC mapas: Provides maps of eco-geographical terrain characterization (ELC as acronym in English) which, for a given species, show adaptive scenarios for a country or region.
  4. Representa: Allows the user to analyze an eco-geographical representativeness of a given species within a germplasm collection.
  5. ECOGEO: An eco-geographical characterization of the germplasm collecting sites. The user can work with more than one hundred available variables.
  6. DIV mapas: Allows the user to obtain maps of eco-geographic, phenotypic and/or genotypic diversity, obtained by determining averaged ecogeographical, phenotypic or genotypic distances by neighborhood or influence zones, respectively.
  7. ColNucleo: Allows the user to obtain eco-geographical core collections from ELC maps (from “ELC mapas” tool).
  8. FIGS_R: Allows the user to obtain “FIGS” subsets by filtering method . Alternatively the user may use ELC maps (from “ELC mapas” tool) in order to balance the germplasm selection.
  • The tools are available in over 160 countries, two regions (Mesoamerica and South America), one single continent (Europe) and at global scale.
  • The GEOQUAL and ELC mapas tools provide more detailed results.
  • Unified user manual is included (with chapters for each tool) in Spanish, Portuguese or English, with more complete documentation.
  • Excel formats for passport, external sources and characterization data, now completely in English (update from 04/07/2014).

Please keep in mind that CAPFITOGEN tools work on Windows (Microsoft) operating system, as this is the most common operative system among technicians in Latin America.

Taking into account that these are large files to be downloaded, it is important to have access to broadband internet or at least a connection time long enough to complete the download. We expect from this download procedure to help speed up the distribution process and reach countries, programs, centers and/or universities much faster than via USB memory distributed by regular mail. This distribution procedure will be exclusively used to give support to users with no network access.

The instructions for the correct download and implementation of the tools’ installer are as follows:

1. Make sure you have ALZip file compression software, or similar software that can unzip files with .alz extension. Installer for ALZip software can be downloaded from the following address:

http://www.altools.com/ALTools/ALZip.aspx

(after the installation of ALZip, use the “trial version” option to have free access)

2. Go to the following website to download the main package of the tools’ installer (no need to start session in Google to proceed with the download):

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BaENjekZKcjRfSlk/edit?usp=sharing

(updated 28/08/2014)

This file is about 2.6 Gb, then download it may takes long times depending on the internet connection. There is available a lighter version which does not includes GEOQUAL tool and is only about  731 Mb. This version can be downloaded from this link:

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BTDRFbE9KSm1kVm8/edit?usp=sharing

(updated 28/08/2014)

3. Download the main package of the tools’ installer called CAPFITOGEN.alz (complete toolkit version) or CAPFITOGEN.zip (light version without GEOQUAL tool), on your hard or flash drive with enough free space. Please consider that CAPFITOGEN.alz or CAPFITOGEN.zip  files are  5.5 or 0.9 Gb decompressed respectively. To complete the downloading process, click on the “File” menu, then click “Download”. Sometimes a download interface might appear, in this case click on “Download anyway”.

4. Go to the following website to select and download the .alz file for the country or region you wish to be analyzed.

https://drive.google.com/folderview?id=0B-4W7NMFAn9cWjZRM0UxUmlBUWM&usp=sharing

(updated 02/04/2014)

Find the country or area you want to work from the available options. Once you find and select it, download the corresponding .alz file. If you click on the folder with the name of the country or region, a black layer will be displayed with the following message “Sorry, no preview is available”, click then on the blue “Download” button.

You can download as many files (countries/regions) as your drive allows. However, keep in mind that these files will eventually have to be decompressed, consequently, for large countries, you might require space enough to accommodate up to 10 Gb of uncompressed content.

5. Unzip the file (downloaded in step 3) CAPFITOGEN.alz in the root of the hard or USB drive (eg C:\). The drive must have more than 6Gb of free space available.

Note: you might need even more space, depending on the country or area you want to work with.

If you selected the root of the C drive to locate the decompressed files, a new folder named “CAPFITOGEN” should be created (if not, please create it manually). Thus the path always should look like:

C:\CAPFITOGEN

If you go into the decompressed folder (called “CAPFITOGEN”), you should find several folders and files that form the main package of the installer.

6. Unzip the contents of the compressed files for the selected country or region (step 4) in the “rdatamaps” folder located inside the “CAPFITOGEN” folder that was created when you unzip ”CAPFITOGEN.alz” file (step 5).

7. Make sure that the content of the compressed files for the selected countries/regions has been properly placed. If, for example, the main package of the tools’ installer (“CAPFITOGEN.alz” file) has been decompressed in C: \ and the selected country/region was Argentina, the resulting route in step 6 should be:

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina

If you click on the “Argentina” folder, you should find two folders (“1×1″ and “5×5″), whose location routes would look as follows:

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina\1×1

and

C:\CAPFITOGEN\rdatamaps\argentina\5×5

8. You can now proceed with the installation of the tools by clicking on CAPFITOGEN.exe file located into the CAPFITOGEN folder. Follow the installation instructions in the available user’s manual (CAPFITOGENtools.pdf) located within the set of files and folders that you can download directly from:

https://drive.google.com/file/d/0B-4W7NMFAn9ceHRVVlE5V2pyQW8/edit?usp=sharing

(updated 14/06/2014)

Cover of the new user’s manual of the CAPFITOGEN tools version 1.2

Cover of the new user’s manual of the CAPFITOGEN tools version 1.2

9. If you have already downloaded and installed the tools previously (since August 2014) and just wish to upgrade the software, it is not necessary to download the complete tool package, just download the “x86.zip” file from the following link:

https://drive.google.com/file/d/0B7JxjDasV98BSVR5RTUtUE9BSHc/edit?usp=sharing

(updated 28/08/2014)

Once downloaded, the file should be unzipped in a temporary folder. A folder called “x86″ will then be created, replacing the existing folder in the same location, within the “CAPFITOGEN” tools folder. Once the substitution is completed, the user can access the new tools. For any replacement it is recommended to first remove the x86 folder (from CAPFITOGEN\x86) and then paste the “x86″ folder (from the zip file).

The download of the x86 zip file is much faster than that of the tools main package, since “x86.zip” is only about 7% of the size of “CAPFITOGEN.alz” (175 Mb).

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CAPFITOGEN tools – version 1.2

Mauricio Parra Quijano, PhD

Tools’ author and Programme Coordinator

Programme to Strengthen National Plant Genetic Resource Capacities in Latin America

International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture/ FAO

Funding: Govern of Spain

2014

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Any questions, comments, or assistance request, please refer to the following emails:

mauricio.parra(at)fao.org

capfitogen(at)fao.org

jun
09

N.I. Vavilov en la Estanzuela (Colonia, Uruguay)

En 1932, N.I. Vavilov visitó a Alberto Boerger (fitotecnista alemán) en la Estanzuela, Colonia, Uruguay, en lo que se conocía como el Instituto Fitotécnico y Semillero Nacional, hoy Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA). Prueba de esa visita quedó plasmada en algunas imágenes que rescató recientemente el Ing Agr. Enrique Condón.

Al visitar las instalaciones de la Estanzuela recientemente, quedé maravillado por esas imágenes, en especial por la siguiente:

N.I. Vavilov en la Estanzuela, Uruguay, en 1937, junto con Alberto Boerger.

N.I. Vavilov en la Estanzuela, Colonia, Uruguay, en 1932, junto con Alberto Boerger. Imagen cortesía F. Condón

Es una imagen que refleja el buen ambiente que creaba Vavilov a su alrededor. Delante de él a su derecha, Alberto Boerger.

No pude resistir la tentación, y allí en el mismo sitio nos hicimos una foto con Federico, organizador del taller Nacional CAPFITOGEN de Uruguay.

Casa de Alberto Boerger, INIA la Estanzuela, Colonia, Uruguay, 2014

Casa de Alberto Boerger, INIA la Estanzuela, Colonia, Uruguay, 2014

04930

Placa conmemorativa

jun
09

Imágenes del segundo Taller Regional CAPFITOGEN, Florianópolis, Brasil

Con total éxito se llevó a cabo el segundo Taller Regional CAPFITOGEN, en la ciudad de Florianópolis, Brasil, del 13 al 16 de Mayo de 2014. Cerca de 42 participantes recibieron las siete herramientas CAPFITOGEN, estando representados alrededor de 15 países latinoamericanos y numerosos institutos para la conservación y uso de la Agrobiodiversidad en la región.

Agradecer a todos los asistentes, quienes demostraron una vez más su gran interés en preservar para sus países e instituciones el valioso patrimonio genético vegetal y recibieron con entusiasmo la tecnología desarrollada por el Programa CAPFITOGEN para facilitar su trabajo.

Algunas imágenes del Taller:

Grupo de participantes, segundo Taller Regional CAPFITOGEN, Florianópolis, Brasil

Grupo de participantes, segundo Taller Regional CAPFITOGEN, Florianópolis, Brasil

Preparando los materiales de entrenamiento

Preparando los materiales de entrenamiento

El póster del evento en la puerta del salón

El póster del evento en la puerta del salón

Ada Molina, quien apoyo todas las labores logísticas durante el Taller

Ada Molina Pertínez, quien apoyo todas las labores logísticas durante el Taller

Apertura del evento

Apertura del evento

Apertura del evento

Apertura del evento

Iniciando la transmisión de los contenidos teóricos

Iniciando la transmisión de los contenidos teóricos

Juan Fajardo (INIA - España) explicando el proyecto SIERFE y las características del easySMTA

Juan Fajardo (INIA – España) explicando el proyecto SIERFE y las características del easySMTA

Taller7_5

Instalando e inicializando las herramientas

Instalando e inicializando las herramientas CAPFITOGEN

Una "selfie" con los asistentes

Una “selfie” con los asistentes

Contenido teórico

Contenido teórico

Trabajando las herramientas con ejemplos brasileños

Trabajando con la versión de las herramientas especial para Brasil, CAPFITOGENbra, mapa ELC Brasil

Trabajando las herramientas con ejemplos brasileños

Trabajando con la versión de las herramientas especial para Brasil, CAPFITOGENbra, mapa aspecto bioclimático Santa Catarina

Explicando los productos de las herramientas

Explicando los productos de la herramienta Representa, usando la versión internacional y como ejemplo datos de Ecuador

Asistentes realizando practicas con las herramientas CAPFITOGEN

Asistentes realizando practicas con las herramientas CAPFITOGEN

Asistentes realizando practicas con las herramientas CAPFITOGEN

Asistentes realizando practicas con la versión internacional de las herramientas CAPFITOGEN y datos de Ecuador como ejemplo

Adecuando las tablas de pasaporte

Adecuando las tablas de pasaporte

Herramientas ahora con función multilenguaje

Herramientas CAPFITOGEN ahora con función multilenguaje

Como ocurrió en el primer Taller Regional CAPFITOGEN, los asistentes tuvieron un espacio para presentar el trabajo que hacen para la conservación y uso de los recursos fitogenéticos en sus instituciones y países. La participación en este punto sobrepasó las expectativas.

Silvana, Guatemala

Silvana, Guatemala

Rafael, UFSC, Brasil

Rafael, UFSC, Brasil

Juan Manuel, UFSC, Brasil

Juan Manuel, UFSC, Brasil

Marlon, Honduras

Marlon, Honduras

Marcelo, Tacán

Marcelo, Ecuador

Jesús, México

Jesús, México

Omar, Panamá

Omar, Panamá

Orquidia, Cuba

Orquidia, Cuba

Ester, EPAGRI,Brasil

Ester, Epagri,Brasil

Mario, Epagri, Brasil

Mario, Epagri, Brasil

Orlando, Costa Rica

Orlando, Costa Rica

Aura, El Salvador

Aura, El Salvador

Delis, Venezuela

Delis, Venezuela

Juan, Perú

Juan, Perú

Agradecer a todos los colaboradores necesarios en Florianópolis, de parte de la Universidad Federal de Santa Catarina (UFSC) y en particular de la Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina (EPAGRI). Agradecimientos a Carlos Orenha y muy especialmente a Mario Angelo Vidor, de EPAGRI. Su apoyo en todo momento fue fundamental para el feliz transcurso del evento.

Mario Vidor de EPAGRI, recibiendo el certificado, fue el mayor colaborador logístico en Florianópolis

Mario Vidor de EPAGRI, recibiendo el certificado, fue el mayor colaborador logístico en Florianópolis

Balance totalmente positivo

Balance totalmente positivo

 

jun
09

Imágenes del Taller Nacional CAPFITOGEN, INIA La Estanzuela, Uruguay

Con excelentes resultados terminó el Taller Nacional CAPFITOGEN para Uruguay (INIA la Estanzuela, Colonia), donde se han formado 15 técnicos uruguayos en el manejo de la tecnología desarrollada por el Programa CAPFITOGEN.

A continuación algunas imágenes del Taller.

Portada de INIA la Estanzuela

Portada de INIA la Estanzuela

Algunos de los participantes en el Taller Nacional CAPFITOGEN para Uruguay, 28 a 30 de Abril de 2014

Algunos de los participantes en el Taller Nacional CAPFITOGEN para Uruguay, 28 a 30 de Abril de 2014

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Federico Condón (organizador del Taller) y otros funcionarios del INIA Uruguay enseñando algunas colecciones de campo de especies forrajeras

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Instalaciones para la adecuación de semillas – INIA la Estanzuela, Uruguay

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